腸衣的使用及貯存方法是否得當對腸衣作用的發揮也是很重要的。腸衣的存放環境一般要求在干燥、通風、避光處貯存。如何使用請根據腸衣廠推薦的方法進行。不當的使用會給香腸的品質帶來不良的影響。①腸衣在使用前或使用時被碰傷，重者會在灌腸或在殺菌過程中造成腸衣爆裂，輕者會在香腸存放或銷售過程中因腸衣結構被破壞而使其阻隔性下降，香腸會提前氧化變質或細菌進入香腸內部造成香腸腐敗從而失去食用價值。②腸衣在高溫、潮濕的條件下貯存會使香腸變形、收縮率下降、規格發生變化。③腸衣長時間的貯存，由于貯存條件的不完備，會使腸衣變形，造成損失。